Michael Ende war der Internationalen Jugendbibliothek persönlich verbunden und vermachte ihr noch zu seinen Lebzeiten ein Originaltyposkript des „Momo“-Romans mit handschriftlichen Korrekturen. 1996 schenkte Endes Witwe Mariko Sato der Internationalen Jugendbibliothek einen Teil seines gegenständlichen und schriftstellerischen Nachlasses, der im eigens eingerichteten Michael Ende-Museum, dem ersten Literaturmuseum für einen Jugendschriftsteller in Deutschland, präsentiert wird.
Zu dem Teilnachlass gehören handschriftlich bearbeitete Typoskripte der „Jim Knopf“-Romane, von "Ophelias Schattentheater", "Das Traumfresserchen" (Typoskript des Librettos zur Oper von Wilfrid Hiller), Geschichten, Gedichte, Korrespondenzen, Lebensdokumente, künstlerische Arbeiten seines Vaters Edgar Ende und seiner Mutter Luise Ende, Möbel, persönliche Gegenstände u. a. Dazu kamen 3.000 Bände seiner Arbeitsbibliothek, darunter eine umfangreiche Sammlung phantastischer Literatur und Rudolf Steiner-Ausgaben sowie 420 Erstausgaben Michael Endes in mehreren Sprachen.
Der Teilnachlass wurde mit Mitteln der Deutschen Forschungsgemeinschaft in dem zentralen Verbundkatalog für Nachlässe und Autographen Kalliope erschlossen.